检查小瓶的研究员
由埃尔吉布森

快速测序

在 UNM 科学家快速检测后,公众对 Omicron 发出警报

在开始传播时检测新的 COVID-19 变体 是一项巨大的科学和后勤挑战。

但多亏了自大流行开始以来研究和跟踪 SARS-CoV-2(导致 COVID-19 的病毒)的传播的两名新墨西哥大学科学家,基因组监测是我们知道 Omicron 变体何时首次出现的方式被带到新墨西哥州。

2021 年 2 月,新墨西哥大学健康科学中心 SARS-CoV-XNUMX 基因组监测项目的联合负责人 Darrell L. Dinwiddie 博士和 Daryl Domman 博士(由国家普通医学科学研究所支持) ,在该州检测到首例已知的 Omicron 变体病例,从而实现了快速的公共卫生反应。

 

Darrell Dinwiddie,博士
我们尝试进行相当实时的分析,在此我们获取样本并尽快对其进行处理以进行测序。 然后我们可以向公共卫生当局和我们的临床医生提供信息,因为当有更易传播的变体时,可以改变政策。
- 达雷尔·丁威迪,博士

在 UNM 医院一名患者的 COVID-19 检测呈阳性后一周内,负责 SARS-CoV-2 基因组序列分析的 Domman 实验室确定该样本是 Omicron 变体。

Domman 和 Dinwiddie 立即通知了新墨西哥州卫生部 (DOH)。 第二天,卫生部发布了 Omicron 已抵达该州的公共服务公告,并鼓励采取额外的预防措施。

“这是一个非常迅速的转变,”丁威迪说。

UNM 儿科助理教授 Dinwiddie 说,研究和跟踪 SARS-CoV-2 及其变体也有助于监测疫苗的有效性。

Dinwiddie 说:“当出现新的 SARS-CoV-2 毒株时,我们开始看到对接种疫苗的个体的保护有所减少,这表明他们的免疫力可能正在减弱。” “疾病预防控制中心和 FDA 可以使用它来查看他们是否需要批准另一种助推器。”

在大流行之前,内科助理教授 Dinwiddie 使用基因组测试研究了其他呼吸道病毒,而 Domman 的重点是在全球范围内对霍乱进行基因组监测。 Domman 说,当他们在 2 年初将注意力转移到 SARS-CoV-2020 病毒时,他们的专业领域非常吻合。

 

达里尔·多曼
我认为我们有真正互补的技能。 我认为对我们俩来说,将我们的技能组合应用于 SARS-CoV-2 是一个非常容易的过渡,这就是为什么我们能够如此迅速地转向并让事情顺利进行
- 达里尔·多曼,博士

“我认为我们拥有真正互补的技能,”多曼说。 “我认为对我们俩来说,将我们的技能组合应用于 SARS-CoV-2 是一个非常容易的过渡,这就是为什么我们能够如此迅速地转向并让事情顺利进行的原因。”

两人对来自 UNM 医院和新墨西哥州的医院以及一家名为 TriCore Reference Laboratories 的大型诊断测试公司的 SARS-CoV-2 阳性样本进行了测序。

“这确实让我们深入了解了病毒是如何被带入该州的,以及这些感染的来源,”丁威迪说。 “然后我们可以追踪那些进来并导致社区传播的人。”

尽管过去两年美国在基因组检测工作方面取得了显着进步,但有一件事让他们放慢了脚步:在家进行 COVID-19 测试。

当然,在家检测的好处大于负面,但那些阳性样本不会被送入监控系统。

“这不仅对我们,而且对案件数量都有巨大影响,”多曼说。 “就样本获取和了解该州、地区和国家的流通情况而言,这绝对是我们必须克服的问题。”

为了解决这个问题,Domman 表示,他们与 TriCore 和 DOH 一起努力,新墨西哥州的目标是在给定月份对至少 5% 的阳性病例进行测序。

“这是一个很好的基准,”他说。 “在那个级别,我们通常会选择在该州流通的变体和子变体。”

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