病原体基因组学
我的实验室使用基因组学来研究传染病如何能够引起流行病并在全球范围内迅速传播。 通过这种方式，我们希望指导更好的控制计划，从而更有效地阻止疾病的传播。 我们目前正在研究三大主题，包括 (1) 大流行性霍乱的传播动态和演变，(2) SARS-CoV-2 跨越西部山区的基因组流行病学，以及 (3) 应用一种健康方法来了解抗微生物药物耐药性.
由于爆发的爆发性和独特的稻水粪便，霍乱是了解腹泻病流行病学许多方面的一个很好的模型。 在我们更加关注全球的传播调查的基础上，我们的重点是转移到如何在与公共卫生干预相关的空间尺度（例如家庭或地区）上利用这些基因组信息。 我们还对实时测序的效用感兴趣，以提供关键流行病学参数的独立估计，例如 R0 和估计病例总数。 使用这些工具，我们可以更好地预测下一次霍乱爆发的地点，我们可以设计合理的、基于证据的干预措施来阻止受灾地区的霍乱
从 2020 年 2 月开始，我的实验室迅速适应了对 SARS-CoV-19 基因组测序的工作，SARS-CoV-1,000 是导致当前 COVID-2 大流行的病毒。 与 Darrell Dinwiddie 的实验室 (UNM) 一起，我们是新墨西哥州和怀俄明州的测序和基因组学负责人，并且是 CDC-SPHERES 联盟的一部分。 我们与 NM 和 WY 卫生部、洛斯阿拉莫斯国家实验室以及区域检测机构密切合作，以获取样本并提供与病毒在西部山区的爆发分析和传播历史相关的分析。 以此身份，我们对来自该地区各州的近 XNUMX 个病毒基因组进行了测序。 我们的目标是向我们的公共卫生官员提供关于 SARS-CoV-XNUMX 如何在社区和州内部和之间传播的可操作数据。
我们也非常有兴趣应用这些基因组流行病学技术来了解抗菌素耐药性基因如何在细菌种群中移动以及推动这种传播的压力。 在动物和人类医学中不当使用抗菌药物会导致关键细菌病原体（如沙门氏菌）的耐药性上升。 和大肠杆菌。 由于人类的健康取决于环境的健康和动物的健康（即 One Health），因此了解 AMR 基因和抗性病原体如何在动物-人类-环境种群之间移动至关重要